Ein "Muß" für jeden Naturliebhaber: Die unberührte und eigenwillige Natur Bonaires zeigt sich vor allem im "Washington-Slagbaai" Nationalpark. Dort wachsen Agaven, Aloe, ausgefallene Kakteen und niedrige Bäume wie der DiviDivi.
Der pinkfarbene Flamingo findet auf Bonaire im Pekelmeer ideale Bedingungen für seine Brutplätze. Es gibt nur noch wenige Plätze auf der Welt wo diese schönen Vögel ungestört brüten können. Das Pekelmeer auf Bonaire ist für jegliche Besucher gesperrt. An verschiedenen anderen Stellen auf Bonaire kann man die Flamingos aber dennoch super beoachten.
Es gibt auch Gelbflügelamazone, eine seltene Papageienart, die an ihrem grellgrünen Gefieder und dem gelben Kopf leicht zu erkennen ist - generell ist die Vogelwelt sehr beeindruckend. Es gibt 180 verschiedene Arten, von denen ca. 50 auf Banaire brüten. (Westindische Keilschwanzsittiche Prikichi, gelbe Trupial, Gelbbrustzuckervogel, Grünkolibris, Topasrubinkolibris und Karibische Spottdrosseln u.v.m. wie Braunpelikane, Kormorane, Strandläufer, verschiedene Reiher und Tölpel.
Auf Bonaiere leben auch wilde Esel, Ziegenherden und Leguane die in Astgabeln oder auf Hausdächern und Straßen in der Sonne dösen.